La storia del CFA
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L’origine del CFA risale ad una serie di iniziative promosse fin dal 1991 dal Parco Regionale del Monte Barro, iniziative intraprese dal parco seguendo alcune indicazioni contenute nel proprio Piano Territoriale di Coordinamento (L.R. 7/91).
Tra le principali vanno citate l'organizzazione nella primavera del 1991 del Convegno Regionale "Ingegneria Naturalistica - Materiali e Metodi", e quella nell'autunno del 1996 del Seminario Permanente per la “Gestione delle praterie di interesse naturalistico” con il patrocinio di Regione Lombardia e la collaborazione del Museo Cantonale di Storia Naturale di Lugano.​​
Una diretta conseguenza delle proposte emerse nel corso del Seminario è la stipula, nello stesso anno, di una convenzione tra l’ente di gestione del Parco Regionale del Monte Barro e l’Università degli Studi dell’Insubria (allora denominata Università degli Studi di Milano, III Facoltà di Scienze MM. FF. NN.) per la realizzazione della Stazione Sperimentale per la riproduzione della Flora Insubrica (deliberazione n° 226/96 del 5 novembre 1996). Al contempo analoghe convenzioni vengono stipulate tra il Parco del Monte Barro e la Fondazione Minoprio (CO), nonché tra quest’ultima e l’Università degli Studi dell’Insubria.
Nel frattempo Regione Lombardia, attraverso la “Direttiva sull’impiego dei materiali vegetali vivi negli interventi di ingegneria naturalistica in Lombardia” (DGR n° 6/29567 del 1 luglio 1997), fornisce “indirizzi e disposizioni di carattere tecnico-operativo, relativamente alla scelta delle specie vegetali ed al loro impiego nelle varie forme di propagazione, che dovranno essere considerate nella progettazione, esecuzione e controllo finale delle opere di ingegneria naturalistica”. 
In particolare nella Direttiva si afferma che “le specie vegetali erbacee, arbustive ed arboree da impiegare nei lavori di ingegneria naturalistica (…) dovranno essere compatibili con le caratteristiche ecologiche dell’area (…) al fine di evitare che l’introduzione di specie estranee all’ambiente alteri i processi evolutivi della componente vegetale”.
​La pressoché totale assenza sul mercato di materiale vegetale autoctono, soprattutto per quanto riguarda le specie erbacee, ha fatto sì che le indicazioni della Direttiva siano rimaste per lungo  tempo  lettera  morta.  Per queste ragioni la Stazione Sperimentale per la Riproduzione della Flora ​Insubrica ha dato vita a nuove sperimentazioni, espandendo
la propria attività anche a specie più comuni impiegabili in interventi di ripristino ambientale.​
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Nel 2000 Regione Lombardia prende atto del protocollo di intesa tra il Parco del Monte Barro e la Fondazione Minoprio per   l’istituzione   della   “Scuola   Regionale   per  l’Ingegneria Naturalistica – Centro regionale per la tutela della flora autoctona” (DGR n° 7/49787 del 5 maggio 2000), e successivamente individua la stessa quale stazione sperimentale ai sensi della L.R. 86/83 (DGR n° 6/3604 del 26 febbraio 2001). Nasce così ufficialmente il “Centro Regionale per la Flora Autoctona”. Successivamente, tra il 2003 e il 2004, Regione Lombardia riconosce l’importanza della conservazione del germoplasma di specie rare e/o minacciate in Lombardia (DGR n° 7/16038 del 16 gennaio 2004), avviando la costituzione della la Banca del Germoplasma delle Piante Lombarde (o Lombardy Seed Bank, LSB), quale parte integrante del CFA. ​

Nel 2006 il CFA si è dotato di una sede centrale indipendente, situata in un'ala della storica Villa Bertarelli in Galbiate (LC), che ospita tra l'altro anche la sede del Parco Monte Barro.  Qui  trovano  posto  il  Laboratorio per la Conservazione della Biodiversità, la Banca del Germoplasma delle Piante Lombarde, serre e tunnel per la produzione sperimentale di piante, nonché una serie di percorsi didattici inerenti le tematiche della biodiversità vegetale e della sua salvaguardia.